金针菇本身是一种常见的食用菌，在正确烹饪的情况下通常不会导致中毒。但若食用变质金针菇或误食其他有毒菌类，则可能引发中毒反应。日常需注意辨别食材的新鲜度并合理加工，以降低风险。
金针菇含有丰富的蛋白质和膳食纤维，正常食用时不会产生毒性。但若保存不当导致霉变，可能滋生致病菌或产生毒素，引发恶心、呕吐等胃肠道反应。部分人可能对菌类存在过敏反应，出现皮肤瘙痒或呼吸急促等症状。此外，野外采摘的蘑菇若与有毒品种混淆，误食后可能造成肝肾损伤甚至危及生命。
购买金针菇时应选择正规渠道，注意观察菌盖是否完整、菌柄有无黏液等变质迹象。烹饪前需充分清洗并彻底加热，避免凉拌生食。如食用后出现头晕、腹泻等异常症状，应立即停止进食并携带剩余食材及时就医。日常储存需置于冰箱冷藏，开封后建议两天内食用完毕。