甲鱼在正确烹饪和新鲜的情况下食用通常不会导致中毒，但处理不当或食用变质甲鱼可能引发健康问题。食用甲鱼后出现不适可能与个体差异或食材状态有关。
甲鱼本身属于可食用水产品，其肉质和甲壳在中医理论中被认为具有滋阴补虚的功效。若因保存不当导致甲鱼死亡后腐败，体内蛋白质分解会产生组胺、尸胺等有毒物质，可能引发恶心、呕吐、腹痛等中毒症状。未彻底煮熟的甲鱼可能携带寄生虫或致病菌，如沙门氏菌，需100℃以上高温持续加热至少15分钟才能灭活。部分过敏体质者可能对甲鱼中的特定蛋白质产生免疫反应，出现皮肤瘙痒、喉头水肿等类似中毒的表现，但这属于过敏反应范畴。
建议购买活体甲鱼并在2小时内处理烹饪，内脏需彻底清除。烹饪时保证中心温度达到75℃以上，避免生食或半生食。儿童、孕妇及肝肾功能异常者需谨慎控制摄入量，食用后出现头晕、腹泻等异常反应应及时就医排查原因。