肛瘘通常需要进行手术治疗，但具体是否需要手术需根据病情严重程度、类型以及患者身体状况等因素综合判断。若处于急性感染期或存在手术禁忌，可能需先进行药物干预。
1、药物治疗
肛瘘无法自愈，药物仅能暂时缓解症状。若局部红肿疼痛或伴感染，可遵医嘱使用头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊、左氧氟沙星片等抗生素控制炎症，减轻不适。但药物治疗无法清除瘘管，不能根治。
2、手术治疗
手术是肛瘘的主要治疗方式。单纯性低位肛瘘可采用瘘管切开术，直接切开瘘管促进愈合。复杂性高位肛瘘多采用挂线疗法，分阶段处理避免肛门失禁。部分患者可行肛瘘切除术，彻底清除病灶组织。具体术式需根据瘘管走向、深度及括约肌受累情况选择。
3、特殊情况处理
若患者存在严重心肺疾病、凝血功能障碍等手术禁忌，需先控制基础疾病。妊娠期患者宜在分娩后择期手术。婴幼儿肛瘘有自愈可能，可暂行观察，若2岁未愈再考虑手术。
肛瘘存在持续感染、癌变等风险，建议尽早就医评估。术后需保持肛门清洁，便后使用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，定期换药观察愈合情况。避免自行使用偏方延误治疗，所有治疗方案应在肛肠科医生指导下进行。