双皮奶本身一般没有毒性，正常食用是安全的。其原料主要为牛奶、蛋清和糖，均属于常见食材，但若制作或保存不当可能引发食品安全问题。
双皮奶的原料牛奶和蛋清富含蛋白质，在常温下容易滋生细菌。若制作时未充分加热杀菌，或成品存放时间过长，可能导致大肠杆菌、沙门氏菌等微生物超标。食用受污染的双皮奶可能引发腹痛、腹泻等胃肠道反应。此外，部分商家可能违规添加过量防腐剂，长期摄入可能影响肝肾代谢功能。对于乳糖不耐受或蛋清过敏人群，正常食用也可能出现腹胀、皮疹等不良反应。
建议选择正规商家购买新鲜制作的双皮奶，开封后需冷藏并在24小时内食用完毕。自制时应选用巴氏杀菌乳，煮沸后立即冷藏。若食用后出现持续呕吐、腹泻等症状，需及时补充水分并就医。特殊体质人群应根据自身情况谨慎食用。