转基因食用油对身体是否有害不能一概而论。目前科学研究表明，经过严格安全评价的转基因食用油在正常食用情况下通常是安全的。这类产品在上市前需要通过基因特性、营养成分和毒理学等多方面的安全评估。
转基因食用油的生产过程会进行基因序列分析，确保转入的基因不会产生已知毒素或致敏原。其脂肪酸组成与传统食用油基本一致，主要成分仍是甘油三酯，在人体内的代谢途径也相同。国际食品法典委员会和世界卫生组织均明确，通过安全评价的转基因食品与传统食品具有实质等同性。
对于特殊人群，如过敏体质者，理论上存在对转入基因表达产物过敏的可能，但这种情况在已批准的转基因作物中尚未见报道。消费者可通过产品标签的转基因标识进行自主选择。日常饮食建议保持多样化，合理搭配不同种类的食用油，以获取更全面的营养。
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