莲子心泡水喝可能会引起胃肠道不适、低血压或过敏等副作用，使用时需注意禁忌人群及合理用量。其性寒，过量饮用可能损伤脾胃阳气，特殊人群应谨慎选择。
莲子心含有生物碱等成分，可能刺激胃黏膜，部分人群饮用后会出现胃痛、腹泻等消化道症状。脾胃虚弱者更易出现此类反应，建议饭后饮用或减少用量。此外，莲子心的降压作用较明显，低血压患者或长期服用降压药的人群饮用后可能引发头晕、乏力等症状，需监测血压变化。
过敏体质者首次饮用可能出现皮肤瘙痒、红疹等过敏反应，应立即停用。孕妇、经期女性及体质虚寒者因莲子心性味寒凉，可能加重体内寒湿，应避免饮用。日常饮用时需控制每日用量在3-5克以内，避免与寒凉药物或食物同服，连续饮用不宜超过两周。若出现不良反应或正在服用其他药物，建议及时咨询中医师调整饮用方案。