朱砂具有一定的毒性，通常不建议自行使用。朱砂主要成分为硫化汞，正确规范使用时可能不会引起中毒，但长期或过量使用可能造成汞元素蓄积，导致中毒风险。
朱砂中的汞元素进入人体后可能对神经系统、消化系统等造成损害。若长期外用朱砂或通过口服摄入，汞元素可能逐渐在体内蓄积，引发慢性中毒，出现头晕、头痛、恶心等症状。规范使用时，朱砂多作为外用药材，在医生指导下短期用于疮疡肿毒等病症的治疗，此时汞的吸收量相对有限。但需注意孕妇、儿童及肝肾功能不全者应禁用朱砂，以免造成不可逆的损害。
使用朱砂前应经过专业中医师辨证，严格遵循医嘱控制用量和使用周期。日常生活中避免将朱砂制品作为饰品长期佩戴，防止皮肤接触导致汞元素渗透。若出现疑似汞中毒症状，需立即停用并前往医院进行血汞检测和驱汞治疗。