茯神和茯苓虽然来源于同一真菌，但药用部位和功效存在差异，通常不能完全替代使用。茯苓为多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，茯神则是茯苓菌核中带有松根的部分，二者在中医临床应用时各有侧重。
1、功效不同
茯苓主要功效为利水渗湿、健脾宁心，适用于水肿尿少、痰饮眩悸、脾虚食少、便溏泄泻等症。茯神以宁心安神见长，多用于心神不宁、惊悸健忘、失眠多梦等症。现代研究表明茯苓中的茯苓多糖具有调节免疫的作用，而茯神的镇静安神效果较突出。
2、适用证型有别
对于心脾两虚型失眠，常将茯神与酸枣仁配伍使用；治疗脾虚湿盛引起的水肿，则多用茯苓配伍白术、泽泻。若单纯替换使用，可能影响方剂的整体疗效。
3、化学成分差异
茯苓主要含β-茯苓聚糖、三萜类化合物，而茯神除含有茯苓有效成分外，其抱木部位还含有特殊氨基酸和微量元素，这可能是二者药效差异的物质基础。临床使用时应根据具体病症选择，如五苓散中使用茯苓取其利水之功，天王补心丹中茯神侧重安神之效。
建议在中医师指导下规范用药，患者不可自行替换药材。中医治疗强调辨证施治，即使是相似药材，也需根据患者体质、病机特点进行合理配伍。使用过程中如出现不适，应及时就诊调整用药方案。