紧急避孕药通常建议在饭后半小时到一小时后服用。服药时间的选择主要与减少胃肠道刺激有关，同时需严格遵循药物说明书中的使用要求。
饭后服用紧急避孕药可借助食物缓解药物对胃黏膜的直接刺激，降低恶心、呕吐等不良反应的发生概率。目前常见的左炔诺孕酮类紧急避孕药应在无保护性行为后72小时内尽早服用，乌司司酮类避孕药需在120小时内使用。需特别注意的是，服药后若出现呕吐症状，2小时内呕吐者需补服同等剂量药物。部分女性服药后可能出现月经周期改变，如提前或推迟一周均属正常现象。紧急避孕药的有效性随服药时间延迟而下降，且不能阻止宫外孕的发生，更不能替代常规避孕措施。
服用紧急避孕药后若出现严重腹痛、异常阴道出血或下次月经推迟超过一周，建议及时就医检查。该类药物仅适用于避孕失败后的补救措施，每年使用不宜超过3次，日常避孕建议选择短效避孕药、避孕套等有效率更高的方式。用药前应仔细阅读说明书，有血栓病史、乳腺癌患者等特殊人群需严格遵医嘱使用。