水鱼作为传统中药材，一般具有滋阴潜阳、软坚散结、补血止血、养肝明目、增强体质等药用价值，其药用部位主要为鳖甲。但需注意，药用时应在中医师指导下进行，避免自行使用。
1、滋阴潜阳
水鱼甲壳性味咸寒，归肝、肾经，中医认为其能滋养肝肾之阴，调节阴阳平衡，适用于阴虚内热、骨蒸潮热、盗汗等症状。现代研究显示其可能通过调节体温中枢发挥部分作用。
2、软坚散结
鳖甲中含动物胶、角蛋白等成分，中医临床常用于缓解癥瘕积聚、肝脾肿大等病症。其软化包块的机制可能与改善局部微循环有关，常与牡蛎、丹参等配伍使用。
3、补血止血
水鱼血肉富含铁元素和蛋白质，传统医学认为其具有补血功效，对贫血、崩漏下血等情况有辅助调理作用。其甲壳煅制后形成的鳖甲胶，中医用作止血剂。
4、养肝明目
水鱼提取物中含有维生素A前体物质，中医理论认为其能滋养肝血，改善视物昏花、眼干涩等症状。常与枸杞子、菊花等配伍用于眼疾调理。
5、增强体质
水鱼富含优质蛋白、氨基酸及微量元素，传统医学认为其能补益精气，增强抗病能力。术后体虚或慢性消耗性疾病患者，可在医师指导下配伍黄芪、党参使用。
需注意水鱼作为食药同源物质，其食疗作用不能替代药物治疗。湿热体质者慎用，孕妇使用前需咨询医师。药用时需经过专业炮制，自行食用甲壳可能引起消化不良，建议到正规医疗机构购买经过处理的饮片。