樱桃萝卜通常可以直接生吃，但需注意清洗干净并适量食用。其口感脆嫩且富含营养，适合作为新鲜蔬菜食用，但部分人群可能存在消化不良等情况。
樱桃萝卜外皮较薄且肉质细嫩，生食能较好地保留维生素C、膳食纤维等水溶性营养成分。这类成分在高温烹饪过程中容易流失，因此生吃具有一定营养优势。新鲜樱桃萝卜含有芥子油苷，能促进消化液分泌，帮助增进食欲。
需注意表面可能附着土壤中的致病菌或寄生虫卵，生食前应使用流动水反复冲洗并去除根须部位。胃肠功能较弱者大量食用可能引发腹胀，建议每次摄入量控制在100克以内。若发现萝卜内部出现空心或变色等变质情况，应立即停止食用。
日常储存樱桃萝卜时可保留樱子部分，将其浸泡在清水容器中置于阴凉处，有助于维持萝卜的新鲜度。对于儿童、老年人等特殊人群，可将樱桃萝卜切片后搭配其他蔬菜制作沙拉，既保证食品安全又提升营养均衡性。