红腐乳作为传统发酵豆制品，通常含有优质蛋白质、B族维生素、矿物质、大豆异黄酮和活性肽等营养价值。适量食用可为人体补充多种营养物质，但需注意控制摄入量。
红腐乳中的蛋白质在发酵过程中被分解为更易消化吸收的氨基酸，其蛋白质消化率可达到95%以上。同时发酵使大豆中的植酸被降解，提高了钙、铁、锌等矿物质的生物利用率。制作过程中微生物代谢会产生维生素B1、B2和B12，其中每100克红腐乳约含0.04毫克维生素B12，对维持神经系统健康有积极作用。
大豆异黄酮在发酵过程中转化为游离型活性成分，具有抗氧化作用。发酵产生的血管紧张素转化酶抑制肽（ACE抑制肽），可能辅助调节血压。红腐乳中的蛋白酶和脂肪酶能促进食物分解，改善消化功能，但需注意其含盐量较高，每日建议食用量不超过20克。
建议将红腐乳作为调味品替代部分食盐使用，开封后需冷藏保存并在1周内食用完毕。高血压患者应注意控制摄入量，普通人群每周食用2-3次为宜，避免与腌制食品同食加重钠摄入负担。