益生菌饮料通常对肠胃健康有一定益处，但具体效果可能因人而异。适量饮用合格的益生菌饮料可能帮助调节肠道菌群平衡，但需结合个体情况选择。
益生菌饮料中的活性益生菌进入肠道后，可与有害菌竞争生存空间和营养，从而抑制致病菌过度增殖。部分菌株如乳杆菌、双歧杆菌等还能促进短链脂肪酸的合成，这些物质能为肠道上皮细胞提供能量。对于功能性便秘或腹泻人群，特定菌株可能通过调节肠道运动节律来改善排便异常。此外，益生菌可刺激肠道分泌黏蛋白，增强黏膜屏障对病原体的防御能力。
需要注意的是，益生菌饮料的效果受菌株种类、活菌数量、储存条件等多因素影响。不同菌株的功能具有特异性，例如缓解乳糖不耐受需含β-半乳糖苷酶的菌株。饮料中的活菌数量需达到10^6-10^8CFU/mL才能发挥作用，且需低温保存保证活性。部分人群饮用后可能出现腹胀等不适，与肠道菌群重构过程有关。
日常可适量饮用正规厂家生产的益生菌饮料，建议选择标注具体菌株种类和活菌数量的产品。若存在持续性腹痛、血便等严重消化道症状，应及时就医检查。肠易激综合征、炎症性肠病等患者需在医生指导下制定个体化调理方案，益生菌饮料不能替代正规治疗。