银杏果通常不能直接吃，其生果含有一定的毒性成分。日常食用时需经过高温烹煮等处理，且需严格控制摄入量，以免引发中毒反应。
银杏果中含有微量的氢氰酸、银杏酸等有毒物质，生食或过量食用可能引起恶心、呕吐、腹痛等消化道症状，严重时甚至导致抽搐或呼吸困难。儿童、老人等体质较弱者更易出现不良反应，因此需谨慎食用。此外，银杏果的种皮及胚芽部分毒性较高，建议彻底去除后再处理。
若想食用银杏果，可将其充分煮沸15-20分钟，每日食用量不宜超过10粒。出现口唇麻木、心悸等不适症状时，应立即停止食用并就医。需要药用时应严格遵循中医师指导，避免自行加工使用。