益生菌的潜在副作用主要包括胃肠道不适、过敏反应、免疫系统反应以及长期使用可能引发的菌群依赖。具体反应因人而异，需结合个人体质合理使用。
1、胃肠道不适
部分人群初次服用益生菌时可能出现腹胀、腹泻或腹部绞痛等症状。这通常与肠道菌群调整有关，益生菌改变肠道微环境可能导致短暂性消化不适，一般1-2周后症状会逐渐缓解。
2、过敏反应
对乳制品、麸质或益生菌添加剂过敏者可能出现皮疹、瘙痒或呼吸困难等过敏症状。例如含乳杆菌的制剂可能引起乳糖不耐受者出现过敏反应，需仔细阅读成分表。
3、免疫系统反应
免疫功能低下者如艾滋病患者、器官移植术后人群，使用益生菌可能增加感染风险。益生菌在特定情况下可能过度刺激免疫系统，导致机会性感染或菌血症。
4、菌群依赖
长期大剂量使用益生菌可能抑制肠道原生菌群生长，导致肠道自我调节能力下降。突然停用可能出现便秘、消化不良等戒断症状，建议疗程不超过3个月。
若出现持续腹泻、血便或严重过敏反应，应立即停用并就医。特殊人群如早产儿、肿瘤患者使用前需咨询医生，避免与免疫抑制剂、抗生素同服。日常应选择正规品牌并注意储存条件，开封后需冷藏以保证菌株活性。