先天性巨结肠的发病原因主要与遗传因素、胚胎期神经嵴细胞迁移异常以及基因突变等因素有关，需结合具体情况进行判断。
1、遗传因素
先天性巨结肠具有一定的家族遗传倾向。若父母或近亲属中存在先天性巨结肠病史，子代患病风险可能升高。研究表明，RET、GDNF等基因的异常表达可能与肠神经节细胞缺失有关，导致远端结肠无法正常蠕动，从而引发肠梗阻、腹胀等症状。
2、胚胎发育异常
在胚胎发育过程中，神经嵴细胞迁移受阻可能导致肠壁神经节细胞缺如。正常情况下，神经嵴细胞应迁移至消化道并分化为肠神经系统，若此过程异常，病变肠段会丧失自主节律性收缩功能，出现功能性肠梗阻。这种情况多发生在直肠和乙状结肠，部分患儿可能合并其他先天性畸形。
3、基因突变
EDNRB、SOX10等基因突变可能干扰肠神经系统的发育。例如，内皮素受体B基因突变会影响神经嵴细胞的分化和存活，导致病变肠段肌间神经丛和黏膜下神经丛缺失，使肠道处于持续痉挛状态，近端正常肠段因粪便堆积而扩张形成巨结肠。
若新生儿出现胎便排出延迟、腹胀、呕吐等症状，需及时通过直肠活检或造影检查明确诊断。确诊后可先通过扩肛、缓泻剂（如乳果糖口服溶液）缓解症状，必要时行经肛门巨结肠根治术。建议孕期做好遗传咨询及产前筛查，患儿术后需定期随访肠道功能恢复情况。