臭氧消毒在正确使用的情况下一般对人体无害，但若浓度过高或长时间接触可能存在一定健康风险。其安全性主要取决于使用环境、浓度控制以及通风条件等因素。
臭氧作为一种强氧化剂，能够有效杀灭细菌和病毒。在专业消毒场所，通常会将臭氧浓度控制在0.05-0.1ppm的安全范围内，消毒完成后通过通风系统及时清除残留气体，这种规范操作不会对人体造成明显影响。但在密闭空间或家庭环境中，若臭氧发生器功率过大或使用时间过长，可能导致环境中臭氧浓度超过0.1ppm的安全阈值。
当环境中臭氧浓度超过安全标准时，可能刺激眼睛、鼻腔和咽喉黏膜，出现流泪、咳嗽等不适症状。长期暴露于高浓度臭氧环境可能损伤呼吸道纤毛，降低肺部防御功能，对于哮喘患者等敏感人群可能诱发或加重呼吸困难。特殊人群如孕妇、婴幼儿及呼吸道疾病患者对臭氧的耐受性较低，更易出现不良反应。
使用臭氧消毒设备时应严格遵循说明书，消毒期间人员需撤离现场。消毒结束后至少通风30分钟以上方可进入，建议在专业人员指导下操作公共场所的臭氧消毒系统。若在使用臭氧消毒后出现持续咳嗽、胸闷等不适症状，应及时就医检查。日常家庭消毒更推荐紫外线、酒精等安全性更高的消毒方式。