男生小便时阴茎刺痛可能是生理性原因所致，也可能与尿道炎、前列腺炎、尿路结石等疾病因素有关，建议及时就医明确病因。
1、生理性原因
尿液中含有代谢废物，如果长时间憋尿或存在尿液浓缩，可能对尿道黏膜造成刺激，引发刺痛感。此外，性生活过度、局部摩擦损伤等也可能导致尿道口敏感，排尿时出现不适。此类情况通常可通过增加饮水量、保持局部清洁等方式缓解。
2、尿道炎
细菌感染（如淋球菌、大肠杆菌）或非感染性炎症可能导致尿道黏膜充血水肿，排尿时因尿液冲刷引发刺痛。患者可能伴随尿频、尿道口分泌物增多等症状。一般需遵医嘱使用左氧氟沙星片、头孢克肟胶囊、阿奇霉素分散片等抗生素治疗，同时需避免性生活。
3、前列腺炎
前列腺发生炎症时，可能压迫尿道导致排尿阻力增加，引发排尿刺痛、尿不尽等症状。急性细菌性前列腺炎需使用环丙沙星片、多西环素片等药物；慢性前列腺炎可配合坦索罗辛缓释胶囊改善排尿。
4、尿路结石
尿道或膀胱内的结石移动可能划伤黏膜，导致排尿疼痛和血尿。较小结石可通过多饮水促进排出，必要时使用排石颗粒；较大结石需进行体外冲击波碎石或手术取石。
若症状持续或伴有发热、血尿等情况，需及时到泌尿外科就诊，完善尿常规、超声等检查。日常应注意保持会阴部清洁干燥，避免憋尿，每日饮水量建议在1500ml以上以减少尿液刺激。