土茯苓和茯苓虽然名称相似，但两者在来源、功效及临床应用上存在明显区别。土茯苓是百合科植物光叶菝葜的干燥根茎，茯苓则是多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核。
1、来源不同
土茯苓来源于百合科植物光叶菝葜的根茎，其外观呈不规则块状，表面黄棕色至灰褐色。茯苓则是寄生在松树根部的真菌菌核，外形多为类球形或不规则块状，表面淡棕色或褐色，内部白色或淡红色。两者植物科属差异决定了其成分和药理作用的区别。
2、性味归经不同
土茯苓味甘、淡，性平，归肝、胃经，具有解毒除湿的功效。茯苓味甘、淡，性平，归心、肺、脾、肾经，长于利水渗湿且能健脾宁心。两者虽同属淡渗利湿类药物，但归经差异导致作用脏腑不同。
3、功效差异
土茯苓以解毒利关节见长，常用于梅毒、汞中毒、湿热淋浊、带下痈肿等症，现代研究显示其含落新妇苷等成分，具有抗炎、调节免疫的作用。茯苓则以健脾利水安神为主，适用于水肿尿少、脾虚食少、便溏泄泻、惊悸失眠等症，其含有的茯苓多糖能增强机体免疫功能。
需注意，土茯苓肝肾阴虚者慎用，可能引起皮肤瘙痒等过敏反应。茯苓则不适合阴虚而无湿热、虚寒滑精者使用。两者均需在中医师指导下辨证使用，避免自行盲目用药。日常储存时应置于干燥通风处，防止霉变影响药效。