赤藓糖醇对肾脏的影响需根据摄入量和个体情况综合判断。对于健康人群，适量摄入一般不会造成明显损害；但对于肾功能异常者，可能增加代谢负担。建议存在基础肾脏疾病者控制摄入量，必要时咨询医师。
赤藓糖醇进入人体后，约90%通过肾小球滤过作用以原型经尿液排出。其分子量较小且不被肾小管重吸收，因此正常肾功能状态下可高效排泄，不会在体内蓄积。部分研究表明，每日摄入量在0.66g/kg体重范围内对健康人肾功能指标无显著影响。
对于慢性肾病患者，尤其是肾小球滤过率低于30ml/min/1.73m²的人群，肾脏排泄能力下降可能导致赤藓糖醇清除率降低。此时大量摄入可能增加溶质负荷，加重口渴、多尿等症状。动物实验显示，长期超量摄入（超过1.5g/kg/天）可能引起肾小管空泡化改变，但临床相关性尚未明确。
建议普通人群每日摄入量不超过50g，避免与利尿剂同时大量服用。糖尿病患者选择代糖产品时，需注意赤藓糖醇可能引发的渗透性腹泻等消化道反应。已有肾功能损伤者应定期监测尿常规和血肌酐水平，出现排尿异常或水肿加重时应及时就诊。