苯丙酮尿症患者可能因代谢异常及神经功能受损出现失眠、睡眠结构紊乱、嗜睡、昼夜节律失调等睡眠障碍，需通过控制血苯丙氨酸水平改善相关症状。具体表现与疾病严重程度及治疗依从性密切相关。
1、失眠
苯丙酮尿症患者体内苯丙氨酸蓄积可影响5-羟色胺、多巴胺等神经递质合成，导致入睡困难、睡眠浅或早醒，部分患者可能合并焦虑情绪进一步加重失眠。
2、睡眠结构紊乱
高苯丙氨酸血症可干扰非快速眼动睡眠（NREM）与快速眼动睡眠（REM）的周期性切换，表现为深睡眠时间减少、夜间觉醒次数增多，影响睡眠质量。
3、嗜睡
严重未控制的苯丙酮尿症可能导致脑内神经递质代谢失衡，部分患者会出现日间过度嗜睡，尤其在血苯丙氨酸浓度过高时更为明显。
4、昼夜节律失调
苯丙酮尿症可能影响松果体褪黑素分泌节律，导致入睡时间延迟、晨起困难等昼夜节律紊乱症状，常见于青少年及成人患者。
5、夜间惊醒或梦游
少数合并脑损伤的患者可能出现睡眠中异常行为，如夜惊、梦游等异态睡眠，与基底节及边缘系统功能异常相关。
苯丙酮尿症患者出现睡眠障碍时应及时复查血苯丙氨酸浓度，在医生指导下调整低苯丙氨酸饮食或药物治疗方案。对于顽固性睡眠问题可联合神经内科进行多学科诊疗，避免擅自使用安眠类药物掩盖病情。