包皮内侧有水疱一般是生理现象、毛囊炎、皮肤过敏等，必要的时候还需要到皮肤科做相关的检查，然后再做出针对性治疗。
1、生理现象：在个人卫生不到位的情况下，有可能会导致局部受到尿液刺激，而且也会形成水疱，可以通过温水清洗来进行改善。
2、毛囊炎：主要是细菌入侵所引起的，可能会导致皮肤上面出现红色丘疹，可以在医生指导下通过使用红霉素软膏，莫匹罗星软膏，盐酸左氧氟沙星软膏涂抹的进行改善。
3、皮肤过敏：在包皮经常受到磨砂或者是刺激的情况下，有可能会产生过敏的反应，而且也会导致局部出现瘙痒的症状，则需要在医生指导下通过使用盐酸西替利嗪片、氯雷他定片、马来酸氯苯那敏片等药物来进行治疗。
除此以外，不排除是生殖器疱疹所导致的，一定要做到早发现早治疗。