月经要结束时小肚子疼可能是因为激素变化、子宫炎症、子宫肌瘤等，及时采取针对性治疗。
1、激素变化：月经结束期间体内的激素变化，可能会伴有肚子疼痛的症状，一般不需要采取特殊的治疗。
2、子宫炎症：子宫炎症通常会导致子宫内膜充血，在月经结束期间会伴有子宫刺激性的疼痛，可以配合医生通过阿莫西林胶囊、甲硝唑胶囊、替硝唑胶囊等药物治疗。
3、子宫肌瘤：子宫肌瘤通常会伴有子宫内膜损伤，在月经结束期间可能会伴有子宫刺激性疼痛，可以配合医生通过宫腔镜手术切除治疗。
除了以上原因以外，也有可能是子宫内膜异位症等，要及早的做治疗。