舌头两侧有疙瘩可能是外伤、叶状乳头增生、扁平苔癣等，根据个人的情况选择治疗方法。
1、外伤：舌头两侧如果受到外伤以后在生长的过程当中就会伴随肿胀，通常情况下可以使用淡盐水漱口。
2、叶状乳头增生：在平时生活中也会引起患者在局部组织上出现一些增生物，伴随着疙瘩。需要在医生的指导下选择康复新液、西瓜霜喷雾剂、五维他口服溶液等药物治疗。
3、扁平苔癣：扁平苔癣这种疾病也会造成患者的局部组织上出现一些丘疹和斑块。需要在医生的指导下选择硫嘌呤片、醋酸泼尼松片、沙利度胺片等药物治疗。
除此以外也不排除是唾液腺黏液囊肿等原因，需要去医院进行检查，根据病因对症治疗。