耳根子一阵一阵的疼可能是急性中耳炎、腮腺炎、呼吸道感染等原因引起，需要根据不同的病因对症治疗。
1、急性中耳炎：自身免疫下降、受到细菌感染的原因可能会引起急性中耳炎，导致咽鼓管产生炎症反应，可遵医嘱外用盐酸左氧氟沙星滴耳液、红霉素软膏等药物局部涂抹。
2、腮腺炎：受到病毒感染的原因可能会引起腮腺炎，导致腮腺导管变狭窄，引起耳根子部位疼痛，可遵医嘱口服阿昔洛韦片、奥司他韦片等抗病毒药物。
3、呼吸道感染：体内出现炎症反应后会引起呼吸道感染，呼吸道和咽鼓管部位相连，也容易导致局部疼痛，可遵医嘱口服阿莫西林胶囊、头孢克洛片等药物。
除上述病因外，也不排除是病毒性疱疹等原因引起，需要到专业医院进行检查。