一般而言，肛门溃疡可能自愈，但这取决于溃疡的原因和严重程度。轻微的肛门溃疡，如由轻微的皮肤刺激或轻度感染引起，通常可以通过保持清洁和干燥、避免进一步刺激以及适当的局部护理自行恢复。然而，对于由更严重的感染、慢性疾病或免疫系统问题引起的溃疡，可能需要医疗干预。
例如，由于肛裂引起的溃疡，可能在减少便秘和改善大便习惯后逐渐愈合。而由细菌或病毒感染引起的溃疡，如单纯疱疹病毒引起的溃疡，可能需要使用阿昔洛韦、阿莫西林或甲硝唑等药物进行治疗。此外，对于因炎症性肠病如克罗恩病或溃疡性结肠炎引起的溃疡，可能需要长期的药物治疗，如美沙拉嗪、硫唑嘌呤或英夫利昔单抗等。在所有情况下，患者应在医生的指导下使用药物，并遵循医嘱。
对于肛门溃疡，建议及时就医，以便获得准确的诊断和适当的治疗建议。保持个人卫生，避免过度清洁导致皮肤干燥，同时注意饮食习惯，增加膳食纤维的摄入，有助于预防和促进溃疡的愈合。