扁平疣一般不会自愈。扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）引起的皮肤良性赘生物，它们通常在免疫力低下时出现，并可能在一段时间后自行消失。然而，这个过程可能需要数月甚至数年，且并非所有扁平疣都会自愈。
扁平疣的治疗通常需要医疗干预，包括药物治疗和物理治疗。药物治疗中，常见的药物有咪喹莫特酸、维A酸和咪喹莫特。这些药物可以帮助刺激免疫系统对病毒的反应，促进疣体的消退。物理治疗如液氮冷冻治疗、激光治疗等，可以直接去除疣体。需要注意的是，这些治疗方法应在医生的指导下进行，以确保安全和效果。
对于扁平疣，建议及时就医，由专业医生评估病情并制定合适的治疗方案。同时，保持良好的个人卫生习惯和增强免疫力也是预防和辅助治疗扁平疣的重要措施。