黄豆芽一般不建议生吃。生吃黄豆芽可能存在食物中毒的风险，因为黄豆芽中可能含有一些对人体有害的细菌或病毒。生吃黄豆芽也可能导致消化不良，因为黄豆芽中含有一定量的抗营养因子，如胰蛋白酶抑制剂等，这些物质在生吃时会影响人体对蛋白质的消化吸收。
在烹饪黄豆芽时，可以采用多种方法，如炒、煮、炖等，以确保黄豆芽中的有害物质被充分杀死，同时破坏抗营养因子，提高蛋白质的消化吸收率。在烹饪过程中，可以适量添加一些调料，如生姜、大蒜、大葱等，这些调料不仅能够增加黄豆芽的口感，还具有一定的抗菌消炎作用。在烹饪黄豆芽时，还可以适量添加一些富含蛋白质的食材，如豆腐、鸡蛋等，以提高黄豆芽的营养价值。
在食用黄豆芽时，应确保黄豆芽已经充分煮熟，以降低食物中毒的风险。同时，应适量食用黄豆芽，避免过量摄入可能导致消化不良。