牛肝菌发黑通常不建议食用。牛肝菌发黑可能是由于存放时间过长或保存条件不当导致真菌滋生，食用后可能会引起食物中毒。
牛肝菌发黑后，其内部可能已经产生了霉菌毒素，如黄曲霉毒素、赭曲霉毒素等，这些毒素对人体健康有害。此外，牛肝菌发黑后，其营养价值也会大大降低，如维生素B1、B2、烟酸等含量会明显减少。因此，为了健康考虑，不建议食用发黑的牛肝菌。
如果牛肝菌只是表面轻微发黑，可以将发黑部分切除后食用。但如果牛肝菌内部也发黑或有异味，建议丢弃。在食用牛肝菌时，应选择新鲜、无异味的牛肝菌，并妥善保存，避免潮湿、高温环境。