过敏宝宝补充蛋白酶可能是因为消化不良、食物过敏以及肠道菌群失衡等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1. 消化不良：宝宝消化系统尚未完全发育，可能因食物中的蛋白质难以分解而导致消化不良。此时，蛋白酶可以帮助分解蛋白质，减轻消化负担。常用的消化酶类药物包括胰酶、胃蛋白酶和多酶片等，应在医生指导下使用。
2. 食物过敏：宝宝可能对某些食物成分过敏，导致肠道炎症反应。蛋白酶通过分解过敏原蛋白质，减少过敏反应。治疗食物过敏时，除了蛋白酶外，还可能需要使用抗组胺药物如盐酸西替利嗪、氯雷他定等，以及皮质类固醇药物如氢化可的松、醋酸泼尼松等。
3. 肠道菌群失衡：过敏宝宝肠道内有益菌可能减少，补充蛋白酶有助于调整肠道菌群，促进有益菌生长。同时，可以考虑使用益生菌制剂如双歧杆菌、乳酸杆菌等，以改善肠道环境。
除以上原因外，还可能与遗传、环境等因素有关。日常应避免接触已知过敏原，并在医生指导下合理补充蛋白酶。