大拇指指甲有横纹凹陷可能是由于指甲营养不良、局部微小外伤或真菌感染等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1. 营养不良长期饮食不均衡或缺乏某些微量元素，如铁、锌等，可能导致指甲生长异常，出现横纹和凹陷。改善方法包括调整饮食结构，增加富含蛋白质和微量元素的食物，必要时可在医生指导下补充铁剂、锌剂等。
2. 微小外伤日常生活中不经意的微小外伤，如指甲受压、撞击等，可能导致指甲生长受阻，形成横纹凹陷。一般无需特殊治疗，避免进一步外伤，随着指甲生长，横纹会逐渐向远端移动，最终被剪掉。
3. 真菌感染长期手部潮湿、不洁等，容易诱发真菌感染，导致甲沟炎、甲癣等疾病，引起指甲变形、横纹凹陷。治疗需使用抗真菌药物，如特比萘芬、伊曲康唑、酮康唑等，需在医生指导下规律用药，同时保持手部清洁干燥，避免传染。
除以上原因外，还可能与某些系统性疾病等因素有关。平时注意手部卫生，避免外伤，如症状持续不缓解，应及时就医，查明原因，对症治疗。