水果玉米一般不是转基因玉米。目前市场上常见的水果玉米大多是通过传统杂交育种技术培育而成的品种，其甜味主要来源于自然突变的糖分代谢基因。
水果玉米的培育主要利用不同玉米品种之间的天然遗传差异，通过人工选择具有高含糖量、果皮较薄等优良性状的亲本进行杂交。例如，超甜玉米的甜味特性通常由隐性突变基因如sh2控制，这类基因会阻碍籽粒中糖分向淀粉转化，从而积累更多糖分。这种育种方式属于常规育种范畴，并未涉及转基因技术。
我国对转基因农作物实行严格的安全评价和标识制度。根据农业农村部公布的信息，截至目前已获批的转基因玉米主要是抗虫、抗除草剂等类型，且需明确标注。普通水果玉米由于未使用转基因技术，在生产和销售过程中不需要进行转基因标识。
在购买水果玉米时，可选择正规超市或农贸市场等渠道。如果对转基因问题有特殊关切，可查看产品包装上是否标注“非转基因”字样，或通过溯源信息了解品种来源。日常饮食中保持食材多样性，适量食用各类新鲜农产品即可。