苦瓜籽一般可以吃，但需注意适量及食用方式。其本身不含毒性，适量食用通常不会对健康造成危害，但可能存在一定食用风险。
苦瓜籽质地较硬，直接生嚼可能刺激口腔或损伤牙齿表面釉质。对于胃肠功能较弱的人群，大量进食后可能增加消化负担，导致腹胀、腹痛等不适。部分人可能对苦瓜籽存在过敏反应，进食后可能出现皮肤瘙痒、皮疹等异常症状。烹饪时将苦瓜籽充分加热煮熟，通常可使其质地变软，更易消化吸收。
日常食用苦瓜时若连带瓜瓤和籽一起食用，建议通过焯水、清炒等方式烹饪处理。若既往有消化道溃疡病史或牙齿敏感问题，可先将苦瓜籽剔除再食用。进食后如出现明显不适，建议暂停食用并及时就诊检查。