木瓜籽通常不建议食用。木瓜籽中含有木瓜蛋白酶抑制剂等物质，这些成分在未经处理的情况下可能对人体健康造成不利影响。
木瓜籽中含有的木瓜蛋白酶抑制剂，如果直接食用，可能会影响人体对蛋白质的消化和吸收，甚至引起肠胃不适。此外，木瓜籽中还含有一些生物碱类物质，过量摄入可能会对人体产生毒性作用。因此，为了安全起见，不建议直接食用木瓜籽。
在日常饮食中，如果对木瓜籽的食用有疑问，应咨询专业医生或营养师的建议。若不慎食用了木瓜籽，出现不适症状，应及时就医，并在医生指导下采取相应措施。在食用任何食物之前，了解其性质和可能的副作用是非常重要的。