赤藓糖醇是一种常用的代糖，过量摄入可能引起胃肠道不适、过敏反应、影响血糖波动、增加代谢负担以及影响口腔健康等副作用。其安全性较高，但需根据个人体质合理使用。
赤藓糖醇作为糖醇类物质，可能刺激肠道黏膜并改变渗透压，导致腹胀、腹泻等消化系统反应。部分人群摄入后因肠道敏感或菌群失衡，会出现腹痛或排气增多。此类症状通常在减少摄入量后自行缓解。
少数人可能对糖醇类物质存在过敏反应，表现为皮肤瘙痒、红肿或呼吸困难。过敏体质者首次食用时应观察是否有异常反应，若出现上述症状需立即停止摄入并及时就医。
赤藓糖醇虽然升糖指数较低，但可能通过影响肠道激素分泌间接干扰血糖调节机制。糖尿病患者大量食用后，可能因个体差异出现血糖波动，建议在医生指导下控制摄入量。
糖醇类物质需经肝脏代谢后通过肾脏排出。长期过量摄入可能加重肝肾代谢负担，特别是肝肾功能不全者可能出现代谢产物蓄积。健康人群正常剂量食用通常不会产生明显影响。
赤藓糖醇不被口腔细菌分解产酸，相较于蔗糖更不易引发龋齿。但含赤藓糖醇的加工食品中若添加其他酸性成分，仍可能对牙釉质造成腐蚀，食用后建议及时清洁口腔。
日常饮食中建议将赤藓糖醇摄入量控制在每日0.8克/千克体重以内，特殊人群应根据医嘱调整使用。出现持续腹泻或过敏症状时应及时就医，避免自行服用止泻药物掩盖病情。