灌肠通常具有治疗便秘、清洁肠道、术前准备、辅助给药、缓解肠梗阻等功效和作用。其具体应用需根据医疗需求，在医生指导下规范操作。
1、治疗便秘对于长期便秘或粪便干结难以排出的患者，灌肠能通过注入生理盐水或甘油溶液，直接软化粪便并刺激肠壁蠕动，促进直肠反射性收缩，从而加速粪便排出。该方法常用于顽固性便秘的临时缓解，但不宜长期频繁使用，以免影响肠道正常功能。
2、清洁肠道在肠镜检查、腹部手术或放射检查前，灌肠可清除结肠内积存的粪便和气体。通过反复冲洗肠道，确保检查视野清晰或降低术中感染风险，常用大量等渗溶液进行全结肠清洁。
3、术前准备某些下腹部或盆腔手术前，灌肠可排空肠道内容物，减少术中污染风险。例如妇科肿瘤手术前常采用低压灌肠，既能清洁肠道又避免肠管过度扩张影响手术操作。
4、辅助给药对于无法口服药物或需要局部治疗的情况，灌肠可作为给药途径。例如溃疡性结肠炎患者使用激素类灌肠液可直接作用于病变黏膜，肾功能不全者通过结肠透析液帮助清除毒素，部分解热镇痛药也可经直肠给药快速吸收。
5、缓解肠梗阻低位不完全性肠梗阻时，低压灌肠能刺激肠道蠕动，帮助排出淤积内容物。采用温生理盐水或肥皂水灌肠，可润滑肠壁、软化硬结粪块，但对完全性肠梗阻或高位梗阻禁用。
灌肠操作需严格掌握适应证和禁忌证，如严重痔疮、肠道出血、妊娠等情况需谨慎。操作时应控制液体温度在37℃左右，灌注压力不宜过高，避免造成肠穿孔等并发症。家庭灌肠存在风险，建议在医疗机构由专业人员实施。