食用发苦的石瓜可能会引起恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道反应，严重时可能出现头晕、乏力甚至脱水。若食用量较大或体质敏感，可能对肝肾造成一定损伤，需及时就医处理。
发苦的石瓜通常含有葫芦素等毒性成分，这类物质耐高温且无法通过烹煮分解。误食后毒素会刺激消化道黏膜，导致胃肠痉挛和炎症反应。部分人群可能出现口唇麻木、心率加快等神经症状，严重中毒者可出现电解质紊乱或肝酶异常升高。婴幼儿、老年人或慢性病患者因代谢能力较弱，症状往往更明显。
若误食发苦石瓜，应立即停止食用并保留食物样本。少量摄入且症状轻微时可通过多饮水促进代谢，密切观察24小时内的身体变化。出现持续呕吐、意识改变或尿量明显减少等情况时，需立即前往急诊科就诊，接受洗胃、补液等对症治疗。日常选购瓜类时应注意辨别，避免食用有明显苦味的品种。