一般而言，木瓜苦味可能来自其未完全成熟的果实或者某些特定品种。未成熟的木瓜含有较高浓度的木瓜蛋白酶抑制剂和苦味素，这些成分在成熟过程中会逐渐减少。通常，成熟的木瓜味道甜美，而未成熟的木瓜则带有苦味。
苦味木瓜可能含有的化合物包括木瓜蛋白酶抑制剂、苦味素等，这些物质在未成熟木瓜中含量较高。例如，木瓜蛋白酶抑制剂如木瓜蛋白酶抑制剂A、木瓜蛋白酶抑制剂B和木瓜蛋白酶抑制剂C，它们在未成熟木瓜中较为丰富。食用未成熟的木瓜可能会导致消化不良或不适，因此建议在医生指导下选择成熟的木瓜或遵医嘱用药。
在选择木瓜时，应优先选择成熟且无苦味的果实，以确保食用安全和口感。