花甲通常可以整个一起吃，但需注意处理干净并充分煮熟。食用前应确保花甲鲜活，避免食用已经死亡或变质的花甲，以免引发胃肠道不适。
花甲的肉质部分包括斧足、内脏等均可食用，但外壳不可食用。烹饪前需用清水浸泡并反复搓洗，去除泥沙和杂质。充分加热至外壳完全张开，内部肉质熟透，可有效杀灭寄生虫和细菌。若花甲在烹饪后未开口，可能已经死亡，建议丢弃。
对海鲜过敏或患有痛风、高尿酸血症等疾病的人群，需谨慎控制摄入量。若食用后出现腹痛、腹泻或过敏反应，应立即停止进食并及时就医。日常储存花甲时需保持低温，尽快食用以保证新鲜度。