扁平疣存在自愈的可能，但概率较低且所需时间较长。该疾病由人乳头瘤病毒感染引起，部分患者随着免疫力提升可能出现自行消退，但多数情况下仍需接受治疗促进恢复。
人体感染HPV病毒后，病毒会潜伏在表皮细胞内。当机体免疫系统识别并清除病毒时，疣体可能逐渐萎缩脱落，这种情况常见于病程较短（3-6个月内）、皮损数量较少且患者免疫力较强的年轻人群。但需注意病毒清除过程可能持续1-2年，期间存在传染扩散风险。
对于病程超过1年、皮损广泛或反复发作的患者，自愈概率显著降低。长期存在的扁平疣容易因搔抓导致自体接种传播，形成线状排列的Koebner现象。免疫功能低下者如糖尿病患者、妊娠期女性等群体更易出现病情迁延。建议患者及时到皮肤科就诊，通过冷冻治疗、光动力疗法等医疗手段干预，既可缩短病程又能有效控制传染。日常应注意避免搔抓患处，保持规律作息以增强免疫力。