扁平疣有自愈的可能，但具体是否能够自愈因人而异。部分患者可能在数月或数年后自行消退，而另一部分患者可能出现病情反复或扩散，需通过治疗干预。
1、可能自愈的情况
部分免疫力较强的患者，其免疫系统可识别并清除人乳头瘤病毒（HPV），使疣体逐渐变平、颜色变淡直至消失。这类患者的疣体通常数量较少且未出现明显扩散，自愈过程可能持续6个月至2年。但自愈期间仍需观察皮损变化，避免抓挠导致病毒扩散。
2、无法自愈的情况
若患者存在免疫功能低下、长期皮肤摩擦刺激或合并其他皮肤病，HPV病毒可能持续感染导致疣体增多、增大，甚至出现同形反应（搔抓后沿抓痕出现新疣体）。此外，部分扁平疣可能持续存在3-5年不消退，或反复发作影响外观，此时需进行规范治疗。
若疣体突然发红、瘙痒或出现消退迹象，可能提示免疫系统正在清除病毒，可暂观察1-2个月。但出现疣体快速增多、融合成片或伴随疼痛时，应及时到皮肤科就诊，通过冷冻、激光或免疫调节治疗等方式干预。日常需注意保持皮肤清洁，避免与他人共用毛巾等物品。