发芽的大蒜通常可以食用，但需根据具体情况判断是否发生霉变或腐烂。大蒜发芽属于正常的生理现象，一般不会产生有毒物质，但若储存不当可能引发变质。
1、正常发芽
大蒜在适宜环境下发芽属于自然生长过程，此时蒜瓣可能出现干瘪现象，但不会产生毒素。发芽大蒜的蒜肉仍可食用，其含有的蒜氨酸、大蒜素等成分虽有所减少，但不会对人体造成危害，烹饪时建议切除发绿的芽体部分以改善口感。
2、霉变腐烂
若储存环境湿度过高，发芽过程可能伴随霉菌滋生。霉变的大蒜表面会出现黑色、绿色霉斑，内部产生黄曲霉毒素等有害物质。此类变质大蒜即使切除霉变部位，毒素仍可能渗透至其他组织，必须整头丢弃不可食用。
建议将大蒜存放在阴凉干燥处，避免高温潮湿环境。食用前需仔细检查蒜体完整性，若发现表皮发黏、散发异味或出现霉点，应立即停止食用。日常储存时可使用透气的网袋悬挂保存，有助于延长保鲜期。
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