木瓜一般可以生吃，但需注意成熟度和食用量。未成熟的木瓜可能含有较多木瓜蛋白酶，过量食用可能刺激消化道，过敏体质者也需谨慎食用。
木瓜含有丰富的维生素C、胡萝卜素及膳食纤维，成熟后果肉柔软且味道香甜，直接食用有助于补充营养。但未成熟的木瓜果皮青绿、果肉较硬，其中木瓜蛋白酶含量较高，这种成分可能刺激口腔黏膜和胃部，引起舌头发麻或胃部不适。部分人群对木瓜中的致敏蛋白存在过敏反应，食用后可能出现皮肤瘙痒、嘴唇肿胀等表现。
日常建议选择果皮橙黄、按压有弹性的成熟木瓜食用，每次食用量控制在200克以内。若进食后出现腹泻、皮疹等异常症状，建议暂停食用并观察，必要时需到消化科或过敏反应科就诊排查原因。