金针菇一般有助于消化。其含有的膳食纤维和特定成分能够促进肠道健康，但需注意食用方式以避免不适。
金针菇中的膳食纤维含量较高，这类成分可以增加食物残渣的体积并刺激肠道蠕动，从而帮助加快食物通过消化道的速度。未被完全分解的纤维结构还能吸附部分脂类物质，减少肠道对脂肪的过度吸收。此外，金针菇所含的真菌多糖可能通过调节肠道菌群平衡来改善消化功能，部分研究表明其能促进双歧杆菌等有益菌的生长。
但金针菇的细胞壁含有几丁质，这种物质在人体内难以被消化酶分解。若咀嚼不充分，金针菇可能以较完整的状态进入肠道，可能引起轻微腹胀或排便时形态改变。对于消化功能较弱的人群，过量食用可能增加胃肠负担。
日常食用金针菇建议充分烹煮并细嚼慢咽，以软化纤维结构。可将其切段或撕成小束后食用，避免整根吞食。若存在慢性胃肠疾病或食用后频繁出现消化不良症状，建议咨询消化科医生调整饮食结构。