多基因遗传病的危害一般有以下几点：
1、智力障碍：多数患有多基因遗传病的患者，会出现智力障碍的现象，甚至还会引起反复惊厥，运动肌障碍等现象。
2、体质虚弱、多病：患有多基因遗传病的患儿，可能会存在反复的喂养困难，低血糖，代谢性酸中毒，乳酸中毒等现象。患儿可能需要反复住院，严重影响正常生长发育。
3、遗传：多基因遗传病具有比较强大的遗传性，甚至还会存在隐性遗传，可能会遗传给后代。
除此之外多基因遗传病，可能还会引起宝宝夭折的现象。