指甲盖有小坑可能是遗传因素导致，也有可能是银屑病、甲营养不良等引起。
1、遗传因素：指甲盖上有小坑，如果跟家庭的多个成员同时发生，可能是遗传因素导致，一般不需要特殊处理。
2、银屑病：银屑病在早期的时候可能会出现指甲盖上有小坑，伴随着甲损害，有较深不规则凹陷。
3、甲营养不良：甲营养不良跟甲真菌病、扁平苔藓、湿疹等有关，会影响到甲母质功能，所以出现指甲盖上有小坑。
除以上原因，跟斑秃等疾病有关，会出现自身免疫功能异常。