一般情况下跑步小腿肚子疼可能是由于过度劳累，肌肉拉伤，肌肉劳损等原因引起的，建议在医生的指导下进行治疗。
1、过度劳累：可能是由于进行剧烈运动导致的，建议多注意休息，避免进行剧烈运动。
2、肌肉拉伤：可能是由于进行运动时没有热身，导致肌肉出现拉伤，引起小腿肚子疼痛的情况，建议对局部进行热敷，促进局部血液循环。
3、肌肉劳损：可能是由于运动量过大，导致肌肉劳损，引起腿部疼痛，建议在医生指导下使用双氯芬酸钠缓释片，布洛芬缓释胶囊等药物。
此外除了这些原因，也可能是由于腰椎间盘突出症等原因导致的，建议及时就医治疗。