低聚果糖在进入体内之后，可以用于促进双基杆菌增殖，甚至还可以起到改善血清脂质和促进微量元素吸收的生理功能，低聚果糖主要是有小分子量的果糖低聚物承担的，在酸性和加热的条件下，稳定性也就越高，可以促进双支杆菌的增殖。
低聚果糖可以在保健食品、糖果以及乳制品等当中存在，同时性能相对比较稳定，不会分解产生有毒成分，在平时做菜以及做点心时也可以适当的放入低聚果糖，通常并不会对人体造成影响，也不会产生有害物质。