菏泽市传染病医院（菏泽市第五人民医院）隶属于菏泽市卫生健康委员会，主要业务范围为结核病、肝病、手足口病、性病、艾滋病等传染病的医疗与护理，为人民身体健康提供医疗与护理保健服务。
医院始建于1953年，2003年7月，菏泽市委、市政府为加强菏泽市传染病救治工作，在原结核病医院的基础上改扩建为菏泽市传染病医院，为公益一类事业单位，是菏泽市委、市政府和市卫生健康委员会指定的全市传染病重症救治定点医院，是菏泽市传染病重症救治中心。
医院占地46.3亩，总建筑面积12000余平方米，开放床位200张。现有在职职工185人，其中正高8人，副高26人。医院围绕传染病专业体系，重点打造结核病、肝病、感染性疾病等重点专业，设置了结核科、肝病科、感染性疾病科等特色临床科室，医院还设置了放射科、CT室、检验科、特检科等诊断辅助科室。
医院设有负压病房、PCR实验室，拥有GE64排螺旋CT、数字胃肠机、DR机、移动X光机、全自动生化分析仪、血气分析仪、核酸自动提取仪、实时荧光PCR仪，电子胃镜、纤维支气管镜、心腹两用彩超、脑彩超、血液滤过机、人工心肺机、高档呼吸机等一批先进的医疗设备，为开展医疗科研提供了保障。
医院与北京佑安医院、山东省胸科医院结为友好合作医院，是中国结核病临床实验合作中心、全国结核病医院联盟、北京结核病诊疗技术创新联盟、山东省心肺专科医联体成员单位，是山东省感染性疾病专科联盟理事单位。
在2003年抗击SARS、2009年救治手足口病和甲型H1N1流感中，医院都临危受命，冲锋在前。曾荣获“全国结核病防治工作先进单位”、“全省无偿献血工作先进集体”、“山东省诚信医疗卫生单位”、“全国百姓放心传染病专科示范医院”、“全国诚信示范医院”、山东省“富民兴鲁劳动奖状”、山东省“全省结核病防治工作先进集体”等荣誉称号，2009年荣获菏泽市“手足口病救治先进集体”并被市委、市政府授予集体“二等功”。
