豆芽根一般不建议食用。虽然豆芽根本身无毒，但它们通常较硬，口感不佳，且可能含有较多的农药残留和细菌，食用后可能对健康造成不利影响。
豆芽根的食用价值相对较低，相比之下，豆芽的芽部富含蛋白质、维生素和矿物质，是更受欢迎的部分。在食品安全方面，豆芽根可能因为生长在土壤中而更容易受到污染。例如，某些农药如草甘膦、百草枯和敌敌畏可能在种植过程中使用，这些化学物质可能残留在豆芽根上。此外，豆芽根也可能成为细菌如沙门氏菌和大肠杆菌的藏身之处，未经适当处理直接食用可能引发食物中毒。
为了确保食品安全和健康，建议在食用豆芽时去除根部，选择新鲜的豆芽，并在烹饪前彻底清洗。如果确实需要食用豆芽根，应确保来源可靠，且经过严格的清洗和处理。在任何情况下，都应在医生指导下或遵循专业建议来决定是否食用豆芽根。